Khi là một chính trị gia, Barak giữ chức Bộ trưởng Nội vụ (1995) và sau đó là Bộ trưởng Ngoại giao (1995–1996). Ông được bầu vào Knesset năm 1996, và phục vụ như một thành viên trong Uỷ ban Ngoại giao và Quốc phòng của Knesset. Năm 1996 Barak trở thành lãnh đạo Công Đảng.

Thủ tướng Israel

Barak được bầu làm thủ tướng Israel ngày 17 tháng 5 năm 1999. Barak đã gây ra tranh cãi khi quyết định thành lập một liên minh với đảng haredi Shas, đảng giành được số ghế lớn chưa từng có 17 trong số 120 ghế của Knesset. Shas miễn cưỡng đồng ý với các điều khoản của Barak rằng họ phải thực hiện loại bỏ lãnh đạo Aryeh Deri, một người bị kết tội nghiêm trọng, và thực hiện "tẩy rửa" tình trạng tham nhũng trong nội bộ. Vì thế, đảng Meretz cánh tả rời bỏ liên minh sau khi họ không đồng ý với việc quyền lực được trao cho một thứ trưởng Shas trong Bộ Giáo dục.

Năm 1999 Barak đưa ra một lời hứa hẹn trong chiến dịch tranh cử để chấm dứt thời kỳ chiếm đóng kéo dài 22 năm của Israel tại Miền nam Liban trong vòng một năm. Ngày 24 tháng 5 năm 2000 Israel rút quân khỏi Miền nam Liban. Ngày 7 tháng 10 năm 2000, ba binh sĩ Israel bị Hezbollah bắt giữ và sau đó giết hại. Thi thể của những binh sĩ này, cùng với người còn sống là Elhanan Tenenbaum, sau đó được đổi lấy những người Liban bị bắt giữ năm 2004. Barak bắt đầu những cuộc đàm phán hoà bình với PLO, nhưng hoàn toàn không có kết quả. Ông tham gia vào Hội nghị Thượng đỉnh Trại David năm 2000 nhằm giải quyết dứt điểm cuộc xung đột Israel-Palestine nhưng không thành công. Barak cũng cho phép Bộ trưởng Ngoại giao Shlomo Ben-Ami tham dự Hội nghị Thượng đỉnh Taba với các lãnh đạo Chính quyền Palestine, sau khi chính phủ của ông đã sụp đổ.

Các vấn đề trong nước

Barak nắm quyền lực khi việc chỉ định Hội đồng Tal để giải quyết với vấn đề gây tranh cãi là việc miễn trừ nghĩa vụ quân sự cho người Do Thái haredi diễn ra. Những cuộc bạo loạn tháng 10 năm 2000 dẫn tới việc 12 lính Israel-Ả Rập thiệt mạng và 1 người Palestine do Cảnh sát Israel và một thường dân Israel-Do Thái bởi người Israel Ả Rập.Giai đoạn 1999–2000, Israel có được tỷ lệ tăng trưởng cao (GDP) cả so với tình trạng nền kinh tế trước đó và theo những tiêu chuẩn quốc tế.

Lãnh đạo đảng, quay lại với chính trị

Năm 2005, Barak thông báo việc quay trở lại chính trường Israel, và chạy đua vào chức lãnh đạo Công Đảng vào tháng 11. Tuy nhiên, trước những kết quả thăm dò không tích cực, Barak đã rời cuộc đua sớm và tuyên bố ủng hộ cho cựu chiến binh và cũng là cựu chính khách Shimon Peres.

Sau khi Peres thua trước Amir Peretz và rời Công Đảng, Barak thông báo ông sẽ ở lại, dù ông có quan hệ không chặt chẽ với giới lãnh đạo mới lên của đảng này. Tuy nhiên, ông tuyên bố, rằng mình sẽ chạy đua vào một vị trí trong Knesset đại diện cho Công Đảng trong cuộc bầu cử tháng 3 năm 2006.

Tháng 1 năm 2007 Barak tung ra một chiến dịch nhằm chiếm lại chức vụ lãnh đạo Công Đảng trong một bức thư thừa nhận những "sai lầm" và "thiếu kinh nghiệm" trong thời gian làm Thủ tướng.[3] Đầu tháng 3 năm 2007, một cuộc thăm dò ý kiến trong cuộc bầu cử sơ bộ Công Đảng cho thấy Barak vượt trên mọi đối thủ khác, gồm cả đương kim lãnh đạo Amir Peretz.[4] Trong vòng bỏ phiếu đầu tiên, ngày 28 tháng 5 năm 2007, ông giành được 39% số phiếu, hơn hai đối thủ gần nhất, nhưng không đủ để giành ngay thắng lợi.[5]

Vì thế, Barak lần nữa phải đối mặt với người về nhì, Ami Ayalon, ngày 12 tháng 6 năm 2007, trong đó ông thắng với chênh lệch sít sao.[6]

Bộ trưởng Quốc phòng

Sau khi trở lại làm lãnh đạo Công Đảng, Barak tuyên thệ nhậm chức Bộ trưởng Quốc phòng ngày 18 tháng 6 năm 2007, như một phần của sự cải tổ nội các của Thủ tướng Olmert. Tuy nhiên, ngày 1 tháng 7 năm 2007, Barak lãnh đạo một nỗ lực thành công trong uỷ ban trung ương Công Đảng để đặt điều kiện rằng Công Đảng sẽ rời liên minh chính phủ nếu Olmert không từ chức vào tháng 9 hay tháng 10 năm 2007. Ở thời điểm đó Hội đồng Winograd sẽ xuất bản báo cáo cuối cùng về tình trạng hoạt động của Các lực lượng Phòng vệ Israel và lãnh đạo dân sự của nó. Báo cáo sơ bộ của Winograd được đưa ra đầu năm ấy quy hầu hết trách nhiệm cho Olmert về những yếu kém trong lập kế hoạch, thực hiện và xem xét lại các chiến lược chiến tranh trong cuộc xung đột năm 2006 chống lại Hezbollah.[cần dẫn nguồn]

Trong tháng 12 năm 2008 tới tháng 1 năm 2009, Barak lãnh đạo (với tư cách Bộ trưởng Quốc phòng) Chiến dịch Cast Lead.

Cuộc bầu cử Knesset năm 2009

Công Đảng chỉ giành 13 trong số 120 ghế tại Knesset trong cuộc bầu cử năm 2009, khiến họ chỉ đứng thứ tư. Barak và các quan chức Công Đảng khác ban đầu nỏi rằng họ sẽ không tham gia trong chính phủ kế tiếp. Tuy nhiên, trước sự phản đối của một số đảng viên, Barak sau này đạt được một thoả thuận theo đó Công Đảng sẽ gia nhập liên minh. Barak vẫn giữ được chức Bộ trưởng Quốc phòng.